Per le giovani streghe di tutto il mondo, la strega di fama mondiale Shiny Chariot regna come il modello di ruolo più venerato e celebrato. Ma man mano che le ragazze invecchiano, crescono anche le loro opinioni su di lei: ora solo la menzione di Chariot farebbe etichettare una strega come una bambina. Tuttavia, imperterrita nella sua cieca ammirazione per Chariot, la ragazza normale Atsuko Kagari si iscrive all'Accademia Magica di Luna Nova, sperando un giorno di diventare ipnotizzante come il suo idolo. Tuttavia, l'accademia delle streghe non è tutto il divertimento e i giochi che Atsuko pensava che sarebbe stata: lezioni noiose, insegnanti severi e studenti che deridono Chariot affliggono il campus. Insieme alla sua inettitudine nella magia, è vista come poco più di una studentessa ribelle. Ma quando finalmente si presenta l'occasione di mettersi alla prova con i suoi coetanei e insegnanti, la coglie, e ora tocca a lei fermare un drago furioso prima che rada al suolo l'intera accademia. Little Witch Academia è una delle quattro opere anime che hanno ricevuto ciascuna 38 milioni di yen (circa 480.000 dollari) dal "2012 Young Animator Training Project". Proprio come nel 2010 e nel 2011, il gruppo di lavoro per l'animazione ha ricevuto 214,5 milioni di yen (2,65 milioni di dollari) dall'Agenzia per gli affari culturali del governo giapponese, e ha distribuito la maggior parte di quei fondi agli studi che formano giovani animatori sul posto di lavoro. La risposta positiva al film ha portato Studio Trigger a lanciare un Kickstarter per finanziare un sequel, che ha superato il suo obiettivo di finanziamento.