Macross Delta è ambientato nell'anno 2067, 8 anni dopo gli eventi dell'ultima serie TV di Macross, Macross Frontier. La storia si concentra su Walküre, una squadra di idoli di talento e lo Squadrone Delta, una squadra di esperti piloti di Valchirie mentre combattono contro la Sindrome del Var, un fenomeno misterioso che sta consumando la galassia e c'è anche la misteriosa squadra di caccia Valchirie dei Cavalieri Aerei del Regno del Vento.