Kaito Kuroba, un normale studente adolescente il cui padre è spesso assente per motivi vagamente definiti. Quando suo padre muore in circostanze misteriose, viene messo a conoscenza dell'identità segreta di suo padre; un famoso criminale internazionale noto come Criminale Internazionale 1412: il Ladro Fantasma, e che è stato assassinato da una misteriosa organizzazione per essersi rifiutato di aiutarli a recuperare la "Gemma di Pandora"; Una pietra mistica che si dice versi una "lacrima" durante il passaggio di una particolare cometa, il cui consumo conferisce l'immortalità. Giura di impedire all'organizzazione di ottenere l'immortalità e assume l'identità di suo padre mentre inizia la sua ricerca della gemma. I suoi unici indizi sulla posizione della gemma sono che si illumina di rosso sotto la luna piena e che si tratta di un doppietto: una gemma nascosta all'interno di una gemma più grande. Quindi, dovrebbe essere relativamente grande con una storia bizzarra e sempre conservato in un luogo che non riceve mai la luce della luna. In questo modo ricerca e ruba gemme famose e inestimabili con storie strane da aree incredibilmente ben difese, e le restituisce sempre dopo la luna piena successiva.