Tre giovani ragazze, Hikaru, Umi e Fuu, vengono trasportate in un mondo magico chiamato Cephiro durante una gita alla Tokyo Tower. Vengono presto accolti dal Maestro Mago Clef, che spiega loro che sono stati convocati per diventare i Leggendari Cavalieri Magici e salvare Cephiro. Le ragazze sono tutt'altro che entusiaste di questa idea e vogliono solo tornare a casa. Clef spiega inoltre che devono cercare i tre Dei Runici per aiutarli a combattere. Conferisce armature e poteri magici a ciascuno di loro. Apprendono da Clef che il Sommo Sacerdote Zagato ha rapito la Colonna di Cephiro, la Principessa Emeraude. Il Pilastro di Cephiro ha l'unica responsabilità di mantenere Cephiro in vita e in equilibrio con le sue preghiere. Senza la principessa Emeraude, Cephiro cadrebbe in rovina. Hikaru, Umi e Fuu devono combattere lo scagnozzo di Zagato e trovare gli Dei delle Rune se vogliono tornare a casa. Presto imparano che l'amicizia e la lealtà sono le uniche cose su cui possono contare nel fatiscente Cephiro.