Madoka Kaname e Sayaka Miki due giovani studentesse incontrano una strana creatura di nome Kyubey. Le due ragazze sono intrappolate nel labirinto di una strega ma sono salvate da una giovane maga, Mami Tomoe. Kyubey a questo punto offre loro la possibilità di esprimere un qualsiasi desiderio in cambio della possibilità di diventare maghe e combattere le streghe.