Nell'A.G. 101 (il 101° anno del calendario della Generazione Avanzata) un'entità misteriosa conosciuta solo come "UE", o "nemico sconosciuto", attacca e distrugge la colonia spaziale Angel. Questo brutale attacco diventa tristemente noto come "Il giorno in cui cadde l'angelo" e segna l'inizio della guerra dell'umanità per la sopravvivenza. La serie inizia nel 108 quando l'UE attacca la colonia spaziale Ovan, dove Flit Asuno vive con sua madre. La madre di Flit viene uccisa dall'UE, e tra i suoi effetti personali (in un oggetto chiamato "AGE Device") scopre i progetti di una potente arma del passato: l'antico messia chiamato "Gundam". Da questi progetti, Flit trascorre i successivi anni studiando ingegneria in una base della Federazione Terrestre sulla colonia spaziale Nora e progettando l'AGE-1 Gundam. Sette anni dopo, in A.G. 115, Flit completa il Gundam, proprio mentre l'UE attacca Nora. La battaglia di Flit e del suo lignaggio per pilotare l'AGE-1 per proteggere l'umanità sta per iniziare.