300 anni dopo un grande conflitto tra la Terra e Marte noto come la "Guerra della Calamità", una donna di nome Kudelia intraprende un viaggio verso la Terra per parlare dell'indipendenza della città marziana di Chryse, che è sotto il controllo del governo terrestre. A scortarla c'è la compagnia di sicurezza privata CGS, Mikazuki Augus e Orga Itsuka. Quando un gruppo chiamato Gjallarhorn attacca la CGS e Kudelia, Orga vede questa come un'opportunità per ribellarsi alla CGS e lanciare un colpo di stato. Mikazuki e Orga sono coinvolti in un nuovo conflitto. Per respingere Gjallarhorn, Mikazuki cavalca un vecchio mobile suit della Guerra della Calamità, alimentato da un reattore nucleare, il Gundam Barbatos.