MS igLoo 2 torna al primo MS igLoo e racconta la storia della fazione dei soldati della Federazione che deve combattere contro i mostruosi Zakus. Ogni episodio racconta la storia di un diverso soldato della federazione che viene maledetto da un Dio della Morte che è sceso sulla terra con gli Zakus e mostra la lotta disperata contro i mobile suit con solo armi convenzionali come carri armati e missili. Ogni soldato, alimentato dalla vendetta e con un Dio della Morte che incombe sulle loro spalle, combatte contro le avversità, ovvero la terribile potenza di uno Zaku.