71 d.C.: Nel bel mezzo della guerra tra i Naturali (OMNI) e i Coordinatori (ZAFT), un'unità della ZAFT viene inviata a dirottare i nuovi mobile suit dell'Alleanza Terrestre sulla colonia neutrale di Heliopolis. La coordinatrice civile Orb Kira Yamato frequenta l'istituto tecnico di Heliopolis. Dopo che ZAFT ha dirottato 4 dei 5 mobile suit, Kira si imbatte nell'ultimo, Strike, costretto a pilotarlo per salvare la sua vita e quella del suo amico. Durante questa confusione, Kira si riunisce anche con il suo amico coordinatore d'infanzia, Athrun Zala, che ironicamente si rivela essere un soldato della ZAFT e uno dei dirottatori di Heliopolis. Avendo il controllo di Strike, Kira si unisce all'Alleanza Terrestre salendo a bordo della nave conosciuta come Archangel, per proteggere i suoi amici mentre si dispera per diventare il nemico del suo amico d'infanzia e del suo popolo. Nota: un remaster HD è stato trasmesso a partire dal 23 dicembre 2011 con due episodi di riepilogo tagliati, tra cui animazioni nuove e aggiornate, conversione in 16:9 e musica aggiornata.