Persona 4 si svolge in una città rurale di nome Inaba. Ci sono stati misteriosi omicidi che si sono verificati ogni volta che c'era nebbia dopo una forte pioggia. Ci sono state anche voci su un canale televisivo in onda solo a mezzanotte chiamato Mayonaka TV, durante il quale si dice che si possa vedere la propria "altra metà" quando si fissa lo schermo della TV. Dopo aver sentito parlare di un recente omicidio irrisolto avvenuto durante la nebbia, i personaggi - Narukami, Chie e Yosuke - discutono di come ognuno di loro abbia tentato di guardare il misterioso canale televisivo e abbia assistito alla vittima dell'omicidio. Il protagonista si rende conto in seguito che durante la mezzanotte, quando il canale è acceso, il suo corpo può entrare nel suo televisore come porta d'accesso per entrare in un altro mondo infestato da ombre. Dopo aver scoperto questo, decidono tutti di esplorare. Quando entra completamente nel mondo per la prima volta, stordita e confusa, Narukami incontra Teddie. Mayonaka TV e gli omicidi della città sembrano avere una connessione. Le vittime dell'omicidio potrebbero essere semplicemente vittime di Mayonaka TV. Tutti decidono che insieme cercheranno di risolvere i misteriosi omicidi esplorando il mondo nascosto di Mayonaka TV.