La tappa è Ayanagi City, una città vicino al Mar del Giappone. Si tratta di una città futuristica che è stata costruita per realizzare la ripresa dalla calamità causata dalla "Sindrome dell'Apatia" dieci anni prima. Lo studente delle superiori Shin Kanzato con il suo fratellino Jun, incontra il fratello maggiore Ryō, che è il capo della polizia della città di Ayanagi, di nuovo dopo dieci anni. In quel periodo, nella città di Ayanagi accadono una serie di strani incidenti, come l'equipaggio di un sottomarino che scompare improvvisamente mentre si trova nel loro sottomarino, o un sintomo senza spirito che sconvolge il mondo dopo dieci anni, o il caso del cadavere al rovescio in cui uno studente ha assunto un aspetto crudele. Ryō rintraccia l'organizzazione dietro la serie di incidenti e, essendo stato coinvolto negli incidenti, Shin risveglia la "Persona".