Satoshi e i suoi amici si perdono in una terra desolata sconosciuta. Alla fine si imbattono in un "Water Pokemon Show" eseguito dalla star della Mariner Troupe, Hiromi. Hiromi è una discendente della troupe del Popolo dell'Acqua in grado di comunicare con i pokemon dell'acqua, e racconta ai nostri eroi la leggenda che è stata tramandata dal suo popolo per generazioni. Secondo la leggenda, un tempio costruito dal Popolo dell'Acqua chiamato "Il Tempio dell'Acqua Akuusha" riposa da qualche parte nell'oceano, e un tesoro chiamato "La Corona dell'Acqua" è nascosto lì. Si dice che nessuno abbia mai visto questo tesoro, ma le cose cambiano quando un Pokemon Ranger di nome Jack Walker (alias Jackie) appare per inseguirlo. Jackie è impegnato in una missione top secret che lo vede proteggere l'uovo del leader del pokemon d'acqua, Manaphy. Questo pokemon, chiamato il "Principe del Mare", deve essere portato al Tempio dell'Acqua Akuusha, quindi Satoshi-tachi e Hiromi decidono di aiutarlo. Lungo la strada, un pirata di nome Phantom attacca i nostri eroi dal suo grande sottomarino. Phantom progetta di usare il potere della Corona d'Acqua per aiutarlo a conquistare il mondo, ma prima dovrà risolvere il mistero dell'uovo di Manaphy. Quando il Rocket-Dan entra nel mix, Jackie usa il suo Capture Styler per prendere in prestito il potere di un pokemon vicino per tenergli testa. Satoshi e Pikachu entrano nella mischia, ma devono ancora vedersela con gli attacchi del potente mecha ad alta tecnologia di Phantom! All'improvviso, l'uovo inizia a brillare di una luce vivida e nasce Manpahy! Qual è il mistero del leggendario tesoro? Quali poteri misteriosi ha Manaphy? Riusciranno Satoshi-tachi e Jackie a completare la loro missione top secret? Il viaggio per raggiungere il Tempio dell'Acqua Akuusha è iniziato!