Molti millenni fa, una meteora proveniente dallo spazio che minacciava di distruggere il mondo fu fermata da Arceus che intervenne per proteggere il mondo. Mentre tentava di proteggere il mondo, Arceus fu gravemente ferito e Damos (ダモス) si prese cura di lui. Come gratitudine, Arceus promise di aiutare a rendere ricca e prospera la terra desolata di Michīna, così diede a Damos il Gioiello della Vita (命の宝玉). Arceus lasciò che Damos prendesse in prestito 16 parti del suo corpo per creare il Gioiello della Vita che gli sarebbe stato restituito in una data specifica. Arceus è stato tradito quando non è stato restituito e ha giurato di giudicare gli umani quando si sarà risvegliato. Molti millenni dopo questi eventi, Satoshi, Hikari e Takeshi arrivano nella città fluviale di Michīna (ミチーナ) che è circondata dalla bellezza della natura. Decidono di andare alle rovine di Michīna che si trovano in cima a una grande roccia. C'è un grande e bellissimo lago sulle sue rive e Satoshi e i suoi amici sono affascinati dal lago, ma all'improvviso le onde iniziano a formarsi nel lago e il tornado d'acqua inizia a devastare. Una discendente di Damos, una ragazza di nome Sheena, fugge dalle rovine di Michīna. Sheena ha visto cosa stava succedendo e ha convocato Dialga e lei ha detto "Dialga, per favore!" e Dialga riesce a fermare il tornado. Satoshi e i suoi amici riescono finalmente a vedere le rovine e Kevin e Sheena raccontano l'antica leggenda di Michīna a Satoshi e ai suoi amici. Pochi istanti dopo aver spiegato la leggenda, i combattimenti tra Dialga, Palkia e Giratina diventano feroci e le rovine di Michīna vengono distrutte. Arceus si è risvegliato...