Gennaio 2118. L'ispettore capo del Dipartimento di Investigazione Criminale, Akane Tsunemori, riceve un rapporto di un incidente su una nave straniera: il corpo della professoressa Milicia Stronskaya è stato scoperto. Dietro l'incidente c'è un gruppo noto come Peacebreakers, un'organizzazione paramilitare straniera e una nuova minaccia esterna che sta prendendo di mira i documenti di ricerca del professore noti come "Stronskaya Papers". Riunita a Shinya Kogami, un ex fuggitivo del Dipartimento di Investigazione Criminale, Akane è alle prese con un caso che si aggrava rapidamente oltre le loro aspettative. I Documenti Stronskaya potrebbero rivelare una verità che scuoterebbe il governo giapponese, e persino il Sistema Sibilla, fino al midollo. È in questa storia non raccontata che viene rivelato l'anello mancante.