Nell'anno 2012 il Giappone è stato invaso dai Mu. Esseri simili agli umani provenienti da un'altra dimensione con sangue blu. Nell'anno 2015 Tokyo viene attaccata da invasori, che vengono respinti da un'arma umanoide chiamata Dolem. Durante il caos, Ayato Kamina incontra Reika Mishima, una compagna di classe. Durante quello stesso giorno, viene attaccato da funzionari governativi, ma una donna di nome Haruka viene in suo soccorso, informandolo che è stata inviata a prenderlo dall'Organizzazione TERRA, e che Tokyo è stata sigillata in una spaccatura temporale in cui il tempo scorre un terzo più velocemente del mondo esterno. Fugge da Haruka su un treno dove vede Reika ancora una volta. Arrivato alla Stanza di Rah, la segue fino a un enorme uovo da cui si schiude il Dolem RahXephon, e dopo il suo canto sua madre appare in cima al Dolem che aveva fermato l'invasione TERRA. Nella battaglia la madre di Ayato viene ferita e Ayato fugge da Tokyo Jupiter con Haruka dopo aver visto il sangue blu di sua madre.