Nei giorni che precedono la rivoluzione giapponese, Hiko Seiijuro, un maestro spadaccino ed eremita errante, si imbatte in un'incursione di banditi su un carro di schiavi. Hiko uccide i banditi razziatori nella speranza di salvare quante più vite possibili, ma riesce a salvare solo una vita dal massacro. Hiko lascia il bambino, consigliandogli di andare al villaggio vicino e farsi prendere cura di lui. Pochi giorni dopo, quando Hiko torna per controllare il bambino che ha salvato, è scioccato nel vedere che il bambino aveva creato delle tombe, sia per gli schiavi con cui aveva stretto amicizia che per i banditi che li avevano uccisi. Vedendo il potenziale nel giovane, Hiko prende il bambino sotto la sua ala, lo chiama Kenshin, che significa "cuore di spada", e gli insegna l'arte della spada sotto l'Hiten Mitsuruugi Ryu. Lottando in una costante sfida con le sue convinzioni ideali che si riflettono contro la durezza della realtà, Tsuiokuhen racconta la storia malinconica e oscura di Himura Kenshin come uno degli assassini più temuti della rivoluzione giapponese: l'Hitokiri Battousai.