La stagione è divisa in due archi narrativi. Il primo arco narrativo mostra Usagi e Co. che hanno i loro ricordi ripristinati dalla prima stagione. I loro nemici sono una coppia di alieni, Ail e Ann, che sono alla ricerca di energia umana per ripristinare il loro albero della vita. Mamoru doveva ancora recuperare i suoi ricordi e apparve come il Cavaliere del Chiaro di Luna piuttosto che Tuxedo Kamen. Questo arco narrativo è durato solo 13 episodi. Il secondo arco introduce Chibi-Usa, una bambina del futuro che è alla ricerca del Cristallo d'Argento. I nuovi nemici sono il Clan della Luna Nera, composto dalle sorelle Ayakashi (Cooan, Beruche, Karaberas e Petz), Rubeus, Safir, Esmeraude, il Principe Demando e Wiseman. Anche loro vogliono il Cristallo d'Argento in modo da poter conquistare il futuro. L'avventura di Sailor Senshi continua...