Valkyria Chronicles è ambientato in un continente fittizio che ricorda l'Europa degli anni '30. Il continente, chiamato Europa, è diviso in due potenze principali: l'Impero Imperiale, una monarchia a est, e l'alleanza di democrazie chiamata Federazione a ovest. In questo mondo, c'è una risorsa molto importante chiamata ragnite; I suoi usi vanno dall'alimentazione di armi da guerra all'uso in cure mediche. Poiché la ragnite è una risorsa così importante, la Federazione e l'Impero sono costantemente in guerra tra loro per questo. La storia si svolge nel paese neutrale della Gallia, noto per le sue abbondanti riserve di ragnite, quando l'Impero decide di invadere e impadronirsi della ragnite per sé. La storia segue Welkin, il figlio di un ex eroe di guerra; Isara, la sorella adottiva di Welkin Darcsen; e Alicia, un membro della guardia cittadina di Bruhl, mentre combattono gli Imperiali nel gruppo di milizie galliane, la Squadra 7. La Squadra 7 combatte per riconquistare le proprie case e i propri mezzi di sostentamento con Welkin come caposquadra e comandante del carro armato Edelweiss; Alicia come scout; Isara come pilota della stella alpina e una varietà di individui colorati.