Proseguendo dagli eventi dell'ultima serie (Shakugan no Shana II), sia Shana che Kazumi si trovano nelle rispettive location in attesa che Yuji incontri uno di loro, solo per scoprire che Yuji è scomparso, senza che sia rimasta nemmeno la minima traccia della sua esistenza. Tuttavia, non tutto è perduto, poiché le lettere che i due gli hanno inviato danno ancora speranza che Yuji possa continuare a esistere. Mentre Shana e la compagnia cercano risposte su dove si trovi Yuji, scoprono presto che la verità li fissa quando Yuji riappare di fronte a loro come il leader di Bal Masqué. Rimasta con poca scelta, Shana deve ora affrontare il suo avversario più improbabile sul campo di battaglia nella sua sfida più difficile.