Shiki Tohno ha subito una ferita pericolosa per la vita da bambino e, a causa di quell'incidente, è stato mandato via dalla casa di Tohno ed è stato dato a un parente per essere allevato. Anni dopo, quando Shiki frequenta il liceo, il capo della famiglia Tohno, suo padre, muore, e sua sorella Akiha, che è il nuovo capofamiglia, gli ordina di tornare a vivere. Tuttavia, Shiki nasconde un enorme segreto. Da allora quell'infortunio, ha iniziato a vedere le linee sugli oggetti e solo con un paio di occhiali speciali è in grado di smettere di vederle. Inoltre non è in grado di ricordare bene nulla del tempo prima del suo incidente. Il giorno in cui torna a casa Tohno è il giorno in cui si imbatte in una donna di nome Arcueid Brunstud e la decapita con un colpo di coltello in un temporaneo attacco di follia. Quando si presenta improvvisamente accanto a lui in seguito viva e vegeta e gli chiede di essere la sua guardia del corpo, inizia il viaggio di Shiki per svelare i misteri del suo passato.