Ittoki Sakuraba era uno studente normale, fino a quando la sua vita non è stata sconvolta! Scopre di essere il 19° erede dei famosi Iga Ninjas. Gli Iga devono cercare di difendere ciò che è loro dai Koga, un clan rivale che cerca di porre fine alla vita di Ittoki. Ittoki non ha altra scelta che diventare uno shinobi abbastanza forte da proteggere non solo se stesso, ma anche il suo villaggio. Ora studente della Kokuten Ninja Academy, una scuola superiore specializzata in tecniche shinobi, Ittoki impara la strada dei ninja moderni, equipaggiato con tute e gadget high-tech. Insieme agli studenti di altri villaggi, Ittoki si scontra con i Koga nel tentativo di porre fine alla rivalità una volta per tutte.