Tatsumiyajima è l'isola centrale al centro di un piccolo gruppo di isole, in una sonnolenta stagnazione delle isole giapponesi. Non succede molto lì, e i giovani dell'isola vanno a scuola sapendo che la loro vita rimarrà probabilmente pacifica e indisturbata. O almeno così è stato insegnato loro... Ma la verità è un'altra. Il destino dell'umanità è in gioco e Tatsumiyajima è l'ultima linea di difesa contro un nemico ostile e incomprensibile. Al centro di tutto, in lotta per la continuazione dell'esistenza dell'umanità, c'è il robot gigante Fafner, il drago che custodisce l'ultimo tesoro dell'umanità. Nota: l'ultimo episodio è andato in onda con una durata di ~48 minuti rispetto all'episodio standard di 24 minuti. Nella versione DVD e nelle successive versioni home video della serie, l'episodio finale è stato diviso in due episodi separati di ~24 minuti.