Yumi Ikoma e Ryou Masaoka sono bambini che sono stati selezionati per prendere parte a una missione top secret, per essere i piloti delle prime unità di combattimento Fafner; l'ultima possibilità di sopravvivenza per la razza umana. Il nemico è spietato, spietato ed è in grado di leggere le menti degli umani. Pertanto, i dettagli di questa missione sono tenuti segreti anche al personale coinvolto. I giovani piloti devono usare tutto il loro coraggio e la loro fede per sopravvivere e portare a termine la loro missione, altrimenti il destino dell'umanità sarà compromesso.