Ambientata nella scuola tecnica Shinigami per maestri d'armi, la serie ruota attorno a 3 gruppi di ciascuno: un maestro d'armi e un'arma umana. Cercando di rendere quest'ultima una "Falce della Morte" che è il titolo più alto per un'arma e quindi adatta all'uso da parte degli Shinigami, devono raccogliere le anime di 99 umani malvagi e 1 strega. Maka e Soul Eater, Black Star e Tsubaki e Death the Kid con Patty e Liz Thompson sono i personaggi attorno ai quali ruota Soul Eater. Oltre a prendersi il tempo per raccogliere le anime, questi studenti di Shibusen difendono la Città della Morte da alcune delle creature più potenti mentre continuano a frequentare la scuola e cercano di diventare più forti.