Dopo un anno in America, Kurisu Makise torna ad Akihabara e si riunisce con Rintarou Okabe. Tuttavia, il loro ricongiungimento viene interrotto quando Okabe inizia a sperimentare lampi ricorrenti di altre linee temporali mentre le conseguenze del suo viaggio nel tempo iniziano a manifestarsi. Questi effetti collaterali alla fine culminano con la scomparsa improvvisa di Okabe dal mondo, e solo lo sorpreso Kurisu ha un ricordo della sua esistenza. Nel bel mezzo della disperazione, Kurisu si trova di fronte a una scelta davvero ardua che metterà alla prova sia il suo dovere di scienziata che la sua lealtà di amica: seguire il consiglio di Okabe e stare lontana dal viaggiare nel tempo per evitare le potenziali conseguenze che potrebbe avere sui confini del mondo, oppure ignorarlo per salvare la persona che ama di più. Indipendentemente dalla sua decisione, il percorso che sceglie è quello che influenzerà il passato, il presente e il futuro.