Sono passati sei mesi dalla battaglia con la flotta di Kugel. La flotta che è stata liberata dalla tirannia del calibro della macchina Striker sta per unirsi alla flotta di Gargantia e nuove persone stanno arrivando a bordo. Ledo, mentre lavora con la squadra di recupero, sta raccogliendo informazioni sulla vecchia civiltà. Cerca risposte alle domande sul perché l'umanità abbia lasciato la Terra e quali fossero le ragioni del conflitto tra la razza umana e gli Orribili. Ledo aveva approfondito il suo interesse per l'archeologia ed esplora la storia dell'umanità. Nel frattempo, Amy insegna alla sua nuova recluta messaggera, Leema, il suo lavoro. Leema è un membro della flotta originale di Kugel e dopo il suo smantellamento, ha iniziato una nuova vita su Gargantia.