Nagito Komaeda si sveglia dopo aver sperimentato la morte nel Neo World Program. Che tipo di mondo sta vedendo e perché si è svegliato? Nagito sembra essere in un mondo strano, che comprende studenti che sono stati visti prima e persone che non sono mai esistite. È un ragazzo normale senza Ultimate Luck, che frequenta una scuola normale. Costretto dall'essere il protagonista, pensa che avere un grande talento interromperebbe la sua felicità. Crede che vivere una vita ordinaria, essere moderatamente felici, mentre guarda i suoi compagni di classe avere una giovinezza normale sia ciò che è meraviglioso. Tuttavia, un giorno, appare un ragazzo che si fa chiamare "Il distruttore del mondo", con la forma di Hajime Hinata dagli occhi rossi. Inizia la distruzione del mondo di Nagito...