Nel prossimo futuro il clima del mondo cambiò creando nel Pacifico occidentale un perpetuo super ciclone: il Grand Roar che alterò la terra, inondando la maggior parte dei paesi. La navigazione e la navigazione divennero importanti per le nazioni e, in seguito alla comparsa dei pirati oceanici, costrinsero le compagnie ad assumere incrociatori di scorta per salvaguardare i loro investimenti. Hyousuke Nagimiya è un ingegnere di sistema che è stato incaricato di aggiornare il Pascal Magi presidiato da un intero equipaggio di donne con il suo capitano, Misaki Nanaha. Insieme, l'equipaggio si sforza di dimostrare ai propri detrattori di non essere un semplice "marchio Alice". Eppure, mentre svolgono la loro missione, una più ampia cospirazione globale sembra lavorare dietro le quinte per trarre vantaggio da questo nuovo ordine mondiale.