In una società sotterranea creata dall'uomo, i discendenti di una generazione bandita si contendono il controllo della fatiscente città di Lux. Ichise, un orfano diventato combattente, perde una gamba e un braccio per soddisfare un infuriato promotore di combattimento. Sull'orlo della morte viene accolto da una giovane dottoressa e usato come cavia per la prossima evoluzione di Texhnolyze. Con i suoi nuovi arti, Ichise viene preso sotto l'ala protettrice di Oonishi, un potente leader di Organ, un'organizzazione che ha una certa presa su Lux. Mentre Ichise è coinvolto in una guerra per il controllo territoriale della città, viene a conoscenza del suo possibile futuro dalla giovane profeta, Ran, che lo guida dall'ombra nei suoi momenti più bui. Con l'esplosione della guerra, Ichise deve scoprire la verità su Lux e combattere per la sua sopravvivenza mentre realizza il suo destino.