La storia de L'impero dei cadaveri si svolge nell'Europa del 19° secolo e ruota attorno a John Watson. Viene scoperto dal governo per diventare un agente segreto, tuttavia, Watson vive in un mondo in cui i "Frankenstein" - cadaveri umani che vengono riutilizzati con un'anima falsa per usarli come lavoratori - vengono utilizzati per migliorare lo sviluppo industriale.