La seconda stagione di Toaru Kagaku no Railgun. Qualcosa di sinistro sta succedendo ad Academy City. Le ombre sono piene di sussurri di un'organizzazione che clona studenti con superpoteri noti come espers. Il maestro di alto rango dell'elettricità, Mikoto Misaka, ride di queste storie fino a quando non si trova faccia a faccia con una copia di se stessa. Dopo aver appreso che questi cloni - le sue sorelle - vengono sistematicamente uccisi in una serie di esperimenti progettati per trasformare un sadico assassino nell'esper più forte della storia, Misaka giura di salvare le sue copie e distruggere l'organizzazione responsabile del progetto. Mentre Misaka si prepara ad affrontare l'esper assetato di potere dell'organizzazione, scopre di non essere stata l'unica vittima delle forze scientifiche che cospirano all'interno della città, e questo è qualcosa che Misaka e le ragazze del Giudizio semplicemente non sopporteranno.