Sono passati due anni dall'incursione del CCG su Anteiku. Anche se l'atmosfera a Tokyo è cambiata drasticamente a causa dell'aumento dell'influenza del CCG, i ghoul continuano a rappresentare un problema poiché hanno iniziato a prendere cautela, in particolare l'organizzazione terroristica Aogiri Tree, che riconosce la crescente minaccia del CCG alla loro esistenza. La creazione di una squadra speciale, nota come Quinx Squad, potrebbe fornire al CCG la spinta di cui hanno bisogno per sterminare i residenti indesiderati di Tokyo. Come esseri umani che hanno subito un intervento chirurgico per utilizzare le abilità speciali dei ghoul, partecipano alle operazioni per sradicare le pericolose creature. Il leader di questo gruppo, Haise Sasaki, è un mezzo ghoul e mezzo umano che è stato addestrato dal famoso investigatore di classe speciale, Kishou Arima. Tuttavia, c'è di più in questo giovane di quanto sembri, poiché ricordi sconosciuti gli artigliano la mente, ricordandogli lentamente la persona che era.