Toshokan Sensou racconta la storia di Kasahara Iku, la prima donna a entrare a far parte della Library Task Force. Nel prossimo futuro in Giappone, la legge sul miglioramento dei media è stata imposta alla popolazione che censura tutti i libri e i media. Per contrastare questo, è stata creata la Library Defense Force. Per proteggersi dalla Commissione per la Legge sul Miglioramento dei Media, tutte le principali biblioteche sono dotate di una Task Force militare, che si assume il compito di proteggere i libri e la libertà dei media delle persone. Questo anime segue Iku e i suoi commilitoni mentre proteggono vari libri e manufatti speciali dall'oppressione della Media Enhancement Law Commission. Una storia d'amore, una storia di guerra e una commedia tutto in uno.