La storia del film inizia quando Arata tocca inavvertitamente "Hermes Apocrypha", il Grimorio di Lilith. All'improvviso, viene avvolto da una luce bianca brillante e una ragazza appare davanti a lui. Si fa chiamare Lilim e tratta sia Arata che Lilith come i suoi genitori. Nello stesso momento in cui appare, qualcosa cambia nel mondo. La proibita Biblioteca Eterna si risveglia. Nella Biblioteca è sigillato il culmine ultimo dell'Alchimia, il Signore dei Demoni Bianchi. Il Signore dei Demoni Bianco complotta per eliminare Arata e i Trinity Seven per usurpare la posizione di Signore dei Demoni. Irto di un potere indicibile, il Signore dei Demoni Bianchi attacca Arata e scatena una crisi disperata in cui Arata e i Trinity Seven devono salvare il mondo in quest'ultima battaglia.