Wagamama High Spec ruota attorno a Kouki Narumi, uno studente delle superiori che disegna anche un manga serializzato su una rivista settimanale. Poiché il manga che disegna è una commedia romantica osé, mantiene questo fatto segreto a tutti coloro che lo circondano, con sua sorella minore Toa e il suo migliore amico Mihiro che sono gli unici a saperlo. Ma un giorno, mentre il presidente del consiglio studentesco Kaoruko Rokuonji è alla ricerca di membri maschili per il consiglio studentesco, scopre che Kouki è l'autore del manga. Kouki si unisce al consiglio studentesco in cambio del fatto che Kaoruko non riveli il suo segreto. Tuttavia, il vicepresidente, Ashe R. Sakuragi, si oppone fermamente alla sua adesione, e in mezzo a tutto questo, iniziano ad accumularsi varie richieste e problemi degli studenti.