Dipinta di rosso, la parola "VON" è tutto ciò che rimane dopo un attacco terroristico a un impianto nucleare in Giappone. Il governo è distrutto dalla sua incapacità di agire, e la polizia è lasciata alla frenetica ricerca di modi per reprimere i colpevoli. Il pubblico non ne ha idea, fino a quando, sei mesi dopo, uno strano video si fa strada su Internet. In esso, due adolescenti che si identificano solo come "Sfinge" sfidano direttamente la polizia, minacciando di causare distruzione e caos in tutta Tokyo. Incapace di fermare il panico di massa che si sta rapidamente diffondendo in tutta la città e alla disperata ricerca di indizi nelle indagini, la polizia fatica ad agire efficacemente contro questi terroristi, con il detective Kenjirou Shibazaki intrappolato nel mezzo di tutto questo. Zankyou no Terror racconta la storia di Nine and Twelve, i due ragazzi dietro le figure mascherate della Sfinge. Non dovrebbero esistere, eppure rimangono forti in un mondo di inganni e segreti mentre fanno crollare la città intorno a loro, il tutto nella speranza di seppellire la loro tragica verità.