Gli zoidi sono macchine da combattimento simili a bestie utilizzate sia nell'uso quotidiano come il trasporto, sia nell'uso speciale come la guerra. Alcuni tipi di Zoidi, noti come Organoidi, sono Zoidi in miniatura che sono organismi viventi. Questi organoidi hanno la capacità di fondersi con uno Zoid non vivente e renderlo molto più potente. Van (Ban) Freiheit scopre un organoide Zoid in un laboratorio abbandonato mentre scappa da due estranei che pilotano Zoids. Sempre in laboratorio, in un tubo di sospensione animato c'è una strana ragazza. Rompe il tubo e porta con sé lei e l'organoide. Individuando uno Zoid Shield Liger in rovina nelle vicinanze, l'Organoid si fonde con esso e ripara i danni. Facendo la sua fuga, Van dà il nome all'organoide Zeke e decide di tenerlo come amico. La ragazza, che dice di chiamarsi Fiona, vuole trovare qualcosa chiamato Zoids Eve, e così Van, Zeke e Fiona iniziano la loro avventura.